南斯拉夫的抵抗力量分成两个派系：南斯拉夫游击队，共产党领导；塞尔维亚游击队，一个保守的保皇党和民族主义派别，得到被占领的南斯拉夫内几乎全部塞尔维亚人的支持。塞尔维亚游击队最初得到西方盟国的承认。而南斯拉夫游击队就得到苏联的支持，但在德黑兰会议(年)上才代替塞尔维亚游击队得到盟国的普遍承认。在这次会议后，塞尔维亚游击队跟轴心国的合作程度大大增加。
南斯拉夫游击队(官方正式名称是南斯拉夫人民民族解放军及党卫队)，由约瑟普·布罗兹·铁托元师指挥，主要是抗击德国、意大利、匈牙利、保加利亚和国内的通敌者。他们依靠一批从西班牙内战中获得丰富作战经验的战士练兵，并在社会主义者思想下赢得不同国家的支持，他们在斗争中逐步获得同盟国和南斯拉夫流亡政府承认为合法的南斯拉夫解放力量。该运动令他们成为在被占领的欧洲下最大的抵抗力量，共,人部队编为4个方面军，最终南斯拉夫游击队击败所有反对者成为新成立的南斯拉夫民主联邦(后来的南斯拉夫社会主义联邦共和国)的官方军队。
虽然马其顿游击队的活动南斯拉夫人民解放战争之一部分，但马其顿的特殊情况(由于当地共产党人强烈的自治倾向)导致建立了一支独立的军队称为马其顿解放军并参与马其顿民族解放战争。到年，马其顿人和塞尔维亚人在塞尔维亚南部取得了联系，形成了联合指挥，因而使马其顿游击队直接受约瑟普·布罗兹·铁托元师指挥。马其顿共产党的自治倾向，其中主要在第二次世界大战期间，终于在年的第二届马其顿民族解放反法西斯大会大会上被解决了。
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